Я порекомендую MyChat.
1. Интеграция с AD.
Прозрачная авторизация, поддержка нескольких доменов, MSI через GPO. Импорт структуры компании из домена в общий древовидный список контактов + фотки + должности/подразделения. Поддержка кирилических логинов.
2. Наличие мобильных клиентов.
iOS/Android, как положено.
3. Возможность управления доступом внутри контура организации.
Именно. Есть крутая система прав и ограничений по группам пользователей. Настраивается всё, вплоть до видимости разных элементов интерфейса. Админка в браузере, https, все дела.
4. Хранение и обмен файлов.
Само собой. Файлы на сервере вашем хранятся.
5. Желательно on-premise решение.
Именно так :) Есть free-версия "на потестировать" без ограничения срока действия.
Рекомендую, в общем. Большой форум поддержки. Странно, что вы о нём ещё не слышали, мессенджер обновляется уже много лет.