fat32 флешка должна быть
FAT32 используется для установки в режиме UEFI (потом GPT-разметка, и т.д. со всему вытекающими).
Для установки в обычном режиме (т.е. BIOS - естественно MBR) можно использовать NTFS.
P.S. Делаю загрузочную флешку следующим образом - беру MSDN-образ с нужной редакцией Windows, создаю нужные разделы через cmd, создаю загрузочный сектор, записываю образ на флешку USB 2.0.