Таких готовых современных движков не существует. Максимум, что вы сможете сделать с C# и питоном для дискеты - это вместить туда архивированный исходный код и то, если игра простая и небольшая. Если надо компактный 2D/3D движок - пишите его самостоятельно. Именно так делали игры в 80-х: тогда не было гуглов, интернетов, установки библиотек с фичами за секунды и все каждый раз изобретали велосипед с нуля. Хочешь нарисовать круг? Открываешь учебник по геометрии, смотришь математическую формулу и ломаешь голову как его нарисовать, когда у тебя есть несколько регистров, десяток команд из математики и операций с памятью, а так же несколько сотен КБ памяти. А из помощников - справочник на 3000 страниц описания работы процессора. Хочешь трехмерную модель? Ну, либо ручками пиши координаты каждой вершины, ребра и полигона либо пиши 3D редактор.
Из известных мне компактных инструментов могу порекомендовать только Forth - это компактный и очень гибкий ЯП (да, опять). И как раз под ваши цели отлично подойдет вот эта реализация:
Quark Forth - это, конечно, не полноценный 2D/3D движок, но отличная база для него. Есть 2D и 3D экран, базовые процедуры для работы с памятью экрана, а так же доступность импорта OpenGL API. Я, к примеру, без проблем делал для него экспортер моделей из Blender 3D - так что вполне можно использовать современные инструменты для создания 3D моделей. Можно легко рисовать 2D и 3D графику и все это будет сверхкомпактно и очень быстро. Размер бинарника - 49 кб.
