Чтобы диск попадал в список загрузочных устройств, он должен быть "активным", т.е. загрузочным (в менеджере разделов Acronis DD такие диски/разделы обозначаются красным флажком, в других менеджерах об активности диска можно узнать из его меню). Для этого на нём должен иметься загрузчик подходящего типа.
Для правильного переноса ОС не стоит пользоваться клонированием, оно переносит не всё. Если загрузчик сидит в отдельном скрытом шифрованном разделе, не помеченном буквой, то программа-клонатор без прямого указания его не подхватит. Правильнее воспользоваться опцией "Миграция ОС на SSD". Она уж точно не забудет перетащить вместе с ОС её загрузчик, а при необходимости переразметит диск из MBR в GPT/EFI, если это потребуется по ходу дела. Опция миграции есть в некоторых продвинутых менеджерах разделов, например, в AOMEI PA или в парагоновском HDM.