В нижней части расположены Taptic engine и динамик, над разъемом как раз тот самый Taptic Engine, он греться не должен. Вероятно, греется либо аккумулятор и из-за каких то особенностей корпуса именно в нижнюю часть отводится тепло, либо сам экран. В целом для современной техники небольшой нагрев во время работы - это нормально, особенно во время разговора (11 айфон имеет не самый хороший модем и часто использует повышенную мощность передатчика, особенно в условиях плохого сигнала). Кроме того, браузер тоже может создавать огромную нагрузку на процессор (для примера, сталкивался с сайтами, способными высадить батарею телефона почти наравне с крутыми современными играми).
Также замечу, что большинство компонентов телефона рассчитываются так, чтобы он мог работать под нагрузкой в жарких странах при температуре воздука до +50 градусов, т.е. нагрев хоть и ускоряет деградацию, но в целом не так страшен.