Лучше всего никакого. Это в очередной раз маркетологическая хрень побеждает здравый смысл.
QR устроен так, что в нём избыточная информация, это сделано специально для надёжного считывания, например, когда попала грязь, или уголок кода оторвался, или камера не может как следует сфокусироваться, и т.д.
Чем больший кусок вы заслоните логотипом, тем меньше останется избыточной информации. Т.е. ваш QR ещё будет считываться в идеальных условиях, но чуть какой-то дефект или помеха - не считается. А ведь люди старались, изобретали, как закодировать именно с избыточностью. Если бы они знали, что их непростую интеллектуальную работу вот так маркетологи будут спускать в унитаз, то они бы заранее оставили пустое место в середине - вперёд, ребята, лепите логотипы вот сюда.