vncsnapshot есть в репозитариях
upd. не подумал, что vnc сервер у тебя может не стоять, сам X-сервер умеет давать скриншоты, утилита
xwd -root -display :99 | convert - png:- > screenshot.png
в данном случае xwd (пакет x11-app) делает скриншот, а convert (пакет imagemagic) конвертирует его в png