Физиологически, низкое разрешение экрана для глаза не вредно — однако, оно неприятно для мозга, и это повышает утомляемость. Так как у е-инков и у ретины пикселей невооруженным глазом не видно, тут разницы нет.
Что действительно вредно — это высокий контраст. Если вы читаете с ретины в светлой, комфортно освещенной комнате — разницы с е-инком опять же нет.
А вот при чтении в сумерках/темноте разница уже огромная — яркость дисплея обычно сильно выше, чем яркость подсветки е-инка, если читать с подсветкой. В результате, в темноте радужка глаза расширяется, и в нее со всей дури лупит яркий дисплей. Вот именно это и вредно. Книги/е-инки без подсветки мы обычно читаем в отраженном свете, когда освещена не только книга, но и окружающие предметы — это не дает радужке слишком расшириться.
Так что не читайте в полной темноте или уменьшайте яркость экрана, и все будет хорошо. А вообще, еще вреднее для глаз надолго фокусироваться на одном расстоянии. Хотя бы раз в полчаса переводите взгляд за окно на минутку, затем наоборот, сфокусируйтесь перед книгой, и дальнозоркость/близорукость наступят позже.