Примерно также, как и на любой другой ОС.
Для разработки - ставишь SDK для твоего микроконтроллера.
Для прошивки - софт для программатора.
Например в случае stm32 понадобится:
gnu-arm-toolchain для компиляции:
www.gnuarm.com/files.html
и stlink для прошивки:
https://github.com/stlink-org/stlink
Для других МК может быть немного иначе, но логика в целом та же.