Табуляция сделана с помощью GET параметра page, то есть https://site.ru/catalog?page=1, https://site.ru/catalog?page=2 и т.д.
А зачем она так сделана?
У вас все товары в одной куче? Категорий нет вообще?
Раньше говорили, что гугл недолюбливает страницы каталогов, сейчас продвинутые магазинщики говорят, что наоборот, хорошо сделанные страницы с категориями товаров гугл очень даже жалует.
Вопрос в том, как мне правильно указать канонический адрес и нужно ли вообще это делать?
Канонический адрес нужен когда на одну и ту же страницу можно попасть по нескольким УРЛам - вы даёте поисковой системе подсказку насчёт того, какой УРЛ является основным ("главным").
Если у вас на ?page=1, ?page=2, и т.д. одно и то же, то да - надо выбрать основную страницу. Если нет, то так и указывайте, не забудьте только про всякие сортировки - по цене, по популярности и т.п., их надо отработать, как и другие параметры, которые могут возникнуть в УРЛе.
а сайте был товар, который поисковики проиндексировали, но через какое-то время товар сняли с продажи и ссылка, которая вела на этот товар, теперь ведет на страницу с ошибкой 404
А зачем она туда ведёт?
Сохраняйте страницу товара, указывайте "нет в наличии" (возможно добавьте информацию о перспективах появления) и выводите предложения "уведомить, когда появится", а также альтернативы этому товару, которые есть в наличии.