Ничего не защитит файл от редактирования. Если даже вы сделаете сервис, который монопольно при запуске системы будет захватывать файл, то ничего не помешает вырубить комп, вытащить винта и подрубить к другому компу. Не говоря о том, что процессы можно прибить при желании.
Если хотите защиту, делайте клиент-серверное приложение, с авторизацией пользователя.
В разных ОС есть еще конечно защищенные хранилища, но это опять же не защитит от перецепления винта.