РКН не блокирует домены - блокируются IP-адреса (диапазоны, подсети).
Чисто теоретически - РКН может потребовать изменения записи DNS-зоны для домена (в т.ч. 3 уровня) так, чтобы он не обеспечивал корректного разрешения в адрес и обращения к ресурсу, при условии что данный домен поддерживается Российским оператором. Но я плохо представляю, как это можно выполнить технически, не нарушая стандартов (разве что просто удалить зону нафиг, на что оператор вряд ли пойдёт). К тому же никто не запрещает прописать соответствия локально и не обращаться к DNS за разрешением.