У тебя вызов Open может принимать как относительные пути (когда он смотрит в рабочем каталоге) так и полные пути, смело указывай полный в обоих случаях и всё будет работать, только посмотри что права у пользователя есть на этот каталог и файл...
Для примера:
open('kolonial.txt', 'r') замени на open('/mnt/kooper/kolonial.txt', 'r')
а open('kolonial2.txt', 'w') на open('/mnt/deals/kolonial2.txt', 'w')