Dha-t-Elle, для понимания: шорткоды нужны исключительно для использования в ТЕКСТЕ ПОСТА, не в шаблоне. В шаблоне используйте PHP-код с условием, который описан в теле шорткода:
Crash, ну и подключайте через Composer, в чем проблема? Два варианта - подключаете в Composer как файл или же оформляете существующий класс с требованиями вашего фреймворка.
Ни в каком премиальном шаблоне такой функционал не встраивают. Это стопроцентно сторонний скрипт(если конечно исключить вариант - автор вопроса лось, что тоже вполне вероятно), который удаляет этот файл. Я бы выкачал весь сайт и поискал по стандартным для вирусов запросам типа base64. Можно также поискать по functions, мало ли в открытом виде скрипт удаления лежит. Вариант номер два - functions.php заражается и его удаляет некий автомат на хостинге, о чем по идее должен оставлять логи.