Когда создаёте таймер, просто параллельно еще делайте куда-нибудь пометку о времени выполнения:
timer = setTimeout(function() {
// Ваш код
}, 5000);
start_time = new Date().getTime() + 5000;
Ну или напишите функцию обертку для setTimeout(), которая будет запоминать время за вас.