самая банальная ошибка - инсерты в цикле. В цикле нужно собирать 1 большой инсерт вида:
insert table (id,name,value) values (1,x,x),(2,x,x) и тд. А после цикла уже его выполнять. Если данных очень много, можно не одним инсертом вставлять данные, а несколькими (по 1-10т записей за раз).
