Возможно три варианта:
1. IMAP-сервер создает эти папки во входящих для новых пользователей, тогда надо смотреть конфигурацию IMAP-сервера.
2. IMAP-сервер вообще их не создает по умолчанию и они создаются почтовым клиентом, которым вы первым заходили в этот ящик по IMAP, скорей всего это был Thunderbird, т.к. он создает эти папки по-умолчнию именно как подпапки входящих.
3. IMAP-сервер создает папки, но названия отличают от тех, которые "любит" Thunderbird (например название папки Trash для удаленных). В таком случае Thunderbird так же создаст папки, но помимо них будут еще папки созданные IMAP-сервером с другими названиями.
Исправить это можно через свойства учетной записи (Параметры/Параметры сервера для удаленных и Параметры/Копии и папки для остальных папок). В Outlook есть соответствующая настройка. Mail.Ru подхватывает имеющиеся папки, чтобы применить изменения в папках можно удалить эккаунт через
https://account.mail.ru/user/delete и войти по-новой.