Ловим клик, ставим на паузу и пишем в localstorage (временную метку с id-трека), делаем переход на pdf.
По возврату - проверяем localstorage и если есть пауза для данного аудио-файла, читаем параметры и возобновляем воспроизведение с места паузы.
PS: Открытие pdf - может быть как в новом окне или вкладке, так и в том же, где шла презентация.