Возможные архитектуры:
1. веб-сервер->приложение (это большинство рядовых сайтов)
2. веб-сервер->сервер приложений->приложение (крупные web-проекты)
3. сервер приложений -> приложение (мобильные On-Line/REST-сервисы)
Веб-сервер - "точка входа" web-запросов клиента (как правило - от браузера) и их маршрутизация в зависимости от заданных условий: нужный домен, сервер (IP), проксирование и последующая передача дальше.
Сервер приложений - это система управления и распределения ресурсов приложений.
Приложение (или веб-приложение) - скрипт или нативный код, предоставляющий ограниченный набор функциональности для конечного пользователя, например, система поиска или галерея.