1. Прочитать, понять и использовать MCV
2. Желательно прочитать, понять и использовать ООП в PHP
По сути Вам нужен компонент (php код), который будет подключаться в index.php и разруливать запросы используя некие ваши правила. При этом сервер все запросы будет вести через index.php.
Если все вышенаписанное "сложно" или нет желания заниматься онанизмом - используйте framework, где это уже реализовано, например Yii2 или laravel. Мне кажется с yii2 проще начать
Учитывая что css работает у всех, а js иногда отключают. Думаю разумно делать так:
все что можно писать на css, остальное на js, хотя откровенно говоря считаю тех кто отключают js в браузере - олигофренами, а они не являются целевой аудиторией большинства сайтов.
Bootstrap 4 - еще на стадии разработки, даже бэта версии еще нет. Код и методы меняются ежемесячно. Поэтому до релиза не будет генераторов или других сервисов.
bxSlider - точно можно.
Fotorama - тоже можно если переписать css и добавить немного jquery. По умолчанию там только верх и низ, но это не значит что нельзя.
если js - пугает - берите bxSlider, как посоветовал @webirus
Вот тут точно на bxSlider вертикальные миниатюры сделаны https://demo1-ru.webasyst.com/headphones/beats/1029/
Просто не надо хранить html, храните данные, например в json в файлах или в mysql. И имейте HTML шаблон, который используется динамически при отображении данных. Доделали шаблон - все поменялось.
Вы читали доки? getbootstrap.com/javascript/#carousel-methods
Чем Вас не устраивают методы .carousel('prev') и .carousel('next'), только селектор будет не 1 как в примере, а несколько. Или через each написать. И вызывайте эти методы по клику на что угодно. Хоть на стрелки слайдеров, хоть на отдельные кнопки, хоть на логотип сайта.
На других сайтах вряд ли используют таблицу для этого, для этого используют div и медиа запросы в css.
Посмотрите вот это: getbootstrap.com/css/#grid-media-queries
