fullpage.js и скроллбар никак не влияют на возможность сделать анимацию, точнее никак не мешает сделать анимацию.
Если почитать документацию к fullpage.js, тут:
https://github.com/alvarotrigo/fullPage.js#methods
то можно найти методы типа onLeave, в которых запускать нужные анимации. Или вообще делать из через css, так как скрипт добавляет класс для активной секции при переходе к ней, можно вообще только через css анимировать все что Вам надо