Я запросил у коллег новый ssl сертификат, установил его, но он работает только для https://имя_сервера, а когда добавляешь порт (он при установке программы указывается по дефолту) я снова вижу тот дефолтный сертификат
Это значит что у вас два вебсервера (virtuual site) - один для стандартного порта, другой для вашего. И сертификат установлен для первого. Два варианта:
1 (лучший) - сконфигурировать вебсервер с 443 использовать вашу апликацию
2) - установить сертификат для вашего сервера, с портом 9877