Vitaly Karasik

Покажите список процессов

ps -ef | grep mysqld

Если это не просто проблемы с концентрацией внимания (как у меня, например), а реальная сонливость при 8-10 часах сна - очень советую к врачу - как конвенцианальному терапевту, так и к комплиментарному специалисту - шиацу, китайская медицина, натуропатия.

Я за конкретные задачи. Кстати, за это люблю RHCE сертификацию - там 90% экзамена это практические задачи "подними и настрой сервис" или "почини сломанную систему".

мог устаналивать пакеты (через composer, например),

В свою директорию любой пользователь может ставить что он хочет.

не мог бы ходить в папки других пользователей?

В чужие home directories и так нельзя зайти. Если речь про другие папки - с помощью "chmod".
Да, с помощью chroot если хотите чтобы он не мог выйти вообще за пределы своей директории.

Попробывал вписать это в терминал

да, это команда для терминала.
возможно mysql_upgrade не в PATH, попробуйте найти ее finder и запустить с полным путем.