Антон: и как вы верстали формулы? Или вам ни разу не приходилось делать документы с формулами, спец символами и другой красотой?
В добавок latex является стандартом для статей в научных изданиях.
Duha666: минимальное выделение памяти в 64 битной системе заметно больше. Врать не буду, но кажется раза в 2.
Установка полного пакета i386 библиотек для работы приложения никак кроме как через задницу не назовешь. Хотя проблем создает мало.
Сергей: сложность вашего решения n*m. Как не крутись на миллионе вашем количестве будет тормозить.
Вам нужно один из списков хранить в структуре с быстрым доступом и проверять вхождение в неё элементов из большего списка. Для начала попробуйте хеши встроенные в перл.
В добавок latex является стандартом для статей в научных изданиях.