Сергей: сложность вашего решения n*m. Как не крутись на миллионе вашем количестве будет тормозить.
Вам нужно один из списков хранить в структуре с быстрым доступом и проверять вхождение в неё элементов из большего списка. Для начала попробуйте хеши встроенные в перл.
Вам нужно один из списков хранить в структуре с быстрым доступом и проверять вхождение в неё элементов из большего списка. Для начала попробуйте хеши встроенные в перл.