Попробуйте так:
INSERT INTO `table` (`id`, `count`, `f`)
SELECT * FROM (
(SELECT `id`, 0 AS `count`, 'foo' AS `f` FROM `table2` [куча where])
UNION
(SELECT `id`, `count` AS `count`, 'bar' AS `f` FROM `table3` LIMIT 1)
) AS t;
UPD. Вообще, должно работать и без дополнительного SELECT'а:
INSERT INTO `table` (`id`, `count`, `f`)
(SELECT `id`, 0 AS `count`, 'foo' AS `f` FROM `table2` [куча where])
UNION
(SELECT `id`, `count` AS `count`, 'bar' AS `f` FROM `table3` LIMIT 1);
Но у меня phpmyadmin почему-то ругается на начало второй строки, типа "неожиданный символ", хотя запрос исполняется.