Есть 2 шаблона приложения: basic и advanced. В advanced есть три папки: backend(вроде админка, если я правильно помню), frontend(сайт), console(консольное приложение), в каждой из них есть конфиги. В basic конфиг лежит в папке basic/config/web.php
В документации всё нормально описано, просто нужно внимательней читать