Indexing a Generated Column to Provide a JSON Column Index
As noted elsewhere, JSON columns cannot be indexed directly.
Да, я знаю, что ошибку можно посмотреть при $entityManager->flush(), но в проекте сотни мест где этот метод вызывается, и искать среди них проблемный - не вариант.
flush()
и вызывать её.