Для андроида конечно же eclipse, есть даже специальная сборка вместе с SDK от гугла, причём прогу кросплатформенна.
Для php советую NetBeans, также кросплатформенная IDE.
Разрабатывать программы под винду можно, но к чему это делать на линуксе? Если же кросплатформенные писать, то моно порекомендовать Qt. Код написанный под Qt можно скомпилировать хоть для мака, хоть для винды или андроида (есть моменты, но вцелом так)