Для этого ваша программа на компьютере должна осуществлять связь с микроконтроллером (МК).
Допустим, через виртуальный COM-порт по USB отправляете строку "LED 1 ON \n" в случае, когда вы ткнули в графический интерфейс.
Из USB, допустим через переходник преобразуем в UART и это идет на МК.
Т.е. будет цепь PC -> USBtoUART -> МК
МК же должен будет читать UART(придется ему это запрограммировать) и как только прилетит данная строка изменить состояние ноги(это тоже надо запрограммировать на МК), включив светодиод.
Можете глянуть теже мини-проекты по ардуино от амперки, что бы примерно понять, как это программируется внутри, как к МК подключают диоды, кнопки и т.п.
wiki.amperka.ruВот, кстати почти Ваш вопрос