Clonezilla SE умеет все вышеописанное при перезагрузках, но с рабочей системой работать не умеет, остальное все есть вплоть до разворачивания бэкапов на голое железо. Для централизованных инкрементальных бэкапов рабочих систем я бы использовал bacula, хотя если только windows, может есть какой-то специализированный инструмент.