Не совсем понял фразы типа "что в не имею доступа к внутренней структуре, задаваемой в"
SVG состоит из объектов, для каждого из которых есть свой PATH. Для него и задаем свойства...
Для удобной работы с DOM SVG:
keith-wood.name/svg.html
Хотя я использую простые анимации через window.requestAnimationFrame();