по описанию похоже на какие-то проблемы с диском или контроллером диска.
если железо старое (>5 лет) - начните с профилактики. очистка, замена термопасты, проверка вентиляторов. визуальный осмотр. смотрите логи сервера и ОС. визуальный осмотр, - потекшие кондеры, результаты перегрева.
попробуйте добавить запись логов на внешний компьютер (по сети)