ES2015. и babel, поскольку это стандарт (Chrome50 поддерживает его на 91%). Ну и да, можно использовать фичи из ES2016 вроде async/await для улучшения читабельности кода.
TypeScript это ES2015 + ES2016 stage1 + опциональная возможность объявлять типы, благодаря которой появляется возможность проводить статический анализ на этапе сборки. Это очень выгодно для очень больших проектов (именно поэтому Angular2 написан на нем, это ооочень большой проект).
CoffeScript на сегодня не актуален, возможно этот проект получит дальнейшее развитие.