Самый простой и по рабоче-крестьянски наивный способ - создать один общий для всех воркеров файл и ставить на него эксклюзивную блокировку (flock LOCK_EX) в момент взятия из очереди. Например, пусть у задачи есть поле proc_status, которое имеет значения NEW, RUNNING, FINISHED, FAILED. Тогда ставим блокировку, берём из базы задание в статусе NEW, делаем update set proc_status='RUNNING' и снимаем блокировку - никто другой одновременно с нами ту же задачу не возьмёт. Финальный статус можно ставить без блокировки.
Вместо блокировки файла можно использовать блокировки в самой базе, если они там есть (с Mongo не имел дела).
Ещё один не менее простой способ - распределять задачи по идентификаторам. Например, пусть у нас N воркеров, тогда пусть воркер k (где k=0...N-1) обрабатывает только те задания, где id%N=k.
В общем, способы есть.