Какова область применения Lisp/Clojure/Scheme?
В общем-то это всё языки общего назначения, которые могут использоваться там же где и Python или Java, например. Единственное, что я бы выделил — написание EDSL (встраиваемых предметно-специфичных языков). Пример:
https://github.com/tonsky/datascript.В чем их преимущества над ООП языками?
Лиспы поддерживают ООП, вопрос некорректный.
все объекты в функциональных языках передаются по значению
Кто Вам такую чушь сказал? И да, лиспы не более функциональны, чем какой-нибудь JavaScript.
В каких случаях лучше не использовать ФП?
Смотря что понимать под ФП. Лямбды, ФВП, чистые функции стоит использовать всегда. Рекурсивные функции — нежелательно, если язык не поддерживает TCO (хотя некоторые скажут что преждевременная оптимизация — корень всех зол). Всякие монады и функторы — по ситуации, только не говорите никому что это монады. Вон Promise всё JS-сообщество использует, а было бы написано в доке, что Promise — монада, никто бы и смотреть не стал :)