Изначально непонятно, почему вы хотите, чтобы точка входа на ваш сайт была в описании репозитория на GitHub, почему не сразу на GitHub Pages?
Как можно сделать так, чтобы человек заходил в мой профиль гитхаба и видел в репозитории проекта «Мой сайт» только README-файл?
Когда кто-то заходит в ваш репозиторий, то он видит содержимое вашей ветки по-умолчанию. Скрыть файлы из ветки нельзя, если они там реально есть.
Вы можете создать ещё одну ветку, поместить в неё только файл Readme и сделать её основной. Либо публиковать ваш сайт из ветки gh-pages, а в ветке main удалить всё что вы не хотите показывать. В любом случае люди смогут выбрать любую ветку вручную и посмотреть все что там есть сейчас, либо было когда-либо раньше. Так как репозиторий помнит всё.
Как спрятать файлы через gitignore
Что делает файл gitignore?
Файл gitignore помогает не добавить
случайно файл в репозиторий. Он действует только на ещё неотслеживаемые файлы в рабочем каталоге. Если файл уже в репозитории, то совершенно не важно, что у вас прописано в игноре. И даже если файл есть в игноре, это всё равно не помешает нам добавить его в репо, при желании.
Что не умеет делать файл gitignore?
Добавление файла в игнор точно не удалит файл из репозитория, и даже не сделает его невидимым.