Сергей Кузнецов

Принудительное удаление этих файлов решит проблему.

Воспользуйтесь инструкцией по установке с официального сайта Git LFS

предлагает использовать либо одно, либо другое

Кто такое предлагает? Наоборот, в большинстве случаев хочется оставить и то и другое.

Как правильно решить этот конфликт?

Как обычно, у себя на компьютере подгружаете в свою ветку новые коммиты из целевой ветки common, которые там появились после того, как вы свою ветку feature создали. И в этот момент разрешаете конфликт локально, а вовсе не на гитлабе.

Верно. Если не делать коммит, то он и не получится.

Permission to {repo} denied to {user}

Это говорит о том, что авторизация прошла успешно, но данному пользователю не предоставлено прав на запись в репозиторий. Ошиблись при создании токена.

Параметры user.name и user.email не имеют никакого отношения в вашим GitHub-аккаунтам.
Это лишь реквизиты, которыми будут подписаны новые коммиты на вашем компьютере и всё.
Вы же не думаете, что достаточно знать ваше полное имя и мыло, чтобы войти в аккаунт?

Если интересно, какой параметр в каком файле сохранён, воспользуйтесь командой.
git config --list --show-origin
system лежат в каталоге самого гита и действуют глобально на репозитории всего компьютера.
global хранятся в каталоге пользователя и влияют на все репозитории текущего пользователя.
local сохраняются в каталоге репозитория и действуют только на этот репозиторий.
Одинаковые параметры могут дублироваться в разных конфигах и тогда используется самый локальный.

Но! Ваша ошибка при push связана лишь с неправильной авторизацией. Разбирайтесь с ней, а не с тем, как подписаны коммиты.

Авторство коммитов на авторизацию не влияет вообще, от слова совсем. Можете подписаться хоть как Билл Гейтс. После отправки коммитов на гитхаб они не изменятся. Коммиты вообще в принципе никогда не изменяются, по определению. Можно лишь их пересоздать заново с другим содержимым и описанием.

Команда git remote prune origin удалит ссылки на вышестоящие ветки, которых уже нет на сервере origin, но не тронет соответствующие локальные ветки, которые были с ними связаны.

Удалить локальные ветки, которые связаны с несуществующими внешними можно примерно таким скриптом:

#!/bin/bash

# Получить список веток, которых уже нет на внешнем сервере
missing_branches=$(git branch -vv | grep ': gone]' | awk '{print $1}')

# Удалить каждую локальную ветку, у которой удалена её вышестоящая ветка.
for branch in $missing_branches; do
    git branch -D $branch
done

Но я бы рекомендовал удалять такие ветки вручную, так как скрипт удалит ветки без предупреждения.

не позволяет использовать 1 ключ в нескольких репозиториях

Также наверное нельзя одновременно несколько разных ключей использовать для доступа к одному серверу.

Скорее всего нужно подсказать хосту, какой именно ключ использовать для каждого из подмодулей.
Для этого мы создаём в файле конфигурации ~/.ssh/config несколько виртуальных хостов

Host github.com-module-1
        Hostname github.com
        IdentityFile=/home/user/.ssh/module-1_deploy_key

Host github.com-module-2
        Hostname github.com
        IdentityFile=/home/user/.ssh/module-2_deploy_key

И поправьте ссылку на подмодуль в .gitmodules используя псевдоним виртуального хоста
git@github.com-module-1:OWNER/repo-submodule-1.git

Сам не проверял, пишу основываясь на официальную документацию GitHub:
Authentication / Connect with SSH / Managing deploy keys

У Git нет команды «подключиться к репозиторию». Да и как к нему подключаться, если репозиторий это просто каталог? Вы наверное пытаетесь утилитой ssh подключиться к какому-то серверу, на котором лежит репозиторий. А зачем? Git-хостинги не предоставляют доступа к командной оболочке своих серверов, это же не vps.

Восстановить очень легко, так как гит ничего не удаляет из репозитория, по крайней мере сразу.
Команда reset лишь переместила указатель ветки. Полностью удалить что-то крайне сложно.
Вы можете посмотреть через git reflog где был указатель до этого и вернуть его туда обратно.
git reset --hard HEAD@{1}
Данная команда вернёт ветку на состояние, помеченное на вашем скрине как HEAD@{1}
Либо можно скопировать непосредственно sha-хэш места, куда хотите вернуться.

Затем повторить отмену последнего коммита, но уже правильно:
git reset HEAD~1
Такая команда не будет изменять рабочий каталог, а значит ничего из него не удалит.

Гит не умеет врать. Вы уверены, что отправляете именно в ту ветку, которую потом проверяете на гитхабе?
Покажите вывод команд

git status
git branch -vv
git config --list --show-origin

ЗЫ. Так и оказалось. Вы коммитили в безымянную ветку, а отправляли другую. Поэтому вам и пишет, что отправлять нечего. Если бы вы пушили просто текущую ветку, т. е. без указания имени (git push), то сразу бы получили ошибку и поняли, что не так. Вы не должны каждый раз указывать куда и что отправлять. Достаточно в первый раз добавить ключик -u и ветка будет знать, с какой внешней веткой она связана.

Изменение автора каждого коммита в локальном репозитории с использованием инструмента git filter-repo может выглядеть следующим образом:

#!/bin/bash

authors=("test <test@gmail.com>" "another <another@example.com>")

for commit in $(git rev-list --all); do
    author=${authors[$RANDOM % ${#authors[@]}]}
    git filter-repo --commit-callback "commit.author_name = '$author'; commit.author_email = '$author'" --path-commit $commit
done

В этом примере массив authors содержит список новых авторов в формате "Имя <адрес-электронной-почты>". Скрипт выбирает случайного автора из этого списка для каждого коммита и использует инструмент git filter-repo для изменения автора коммита.

Алгоритм будет работать медленно, так как весь репозиторий будет перестраиваться на каждом шаге цикла.

Примечание: Убедитесь, что у вас установлена последняя версия git filter-repo, поскольку инструмент может быть доступен как отдельный пакет или как часть Git.

И код я не проверял, не обещаю что он заработает.

При обновлении мастера, нужно обновить и эту локальную ветку, сейчас я это делаю в *dev

git switch master & git pull & git switch - & git merge master

Зачем усложняете? Достаточно одной команды
git pull origin master

читал что так делать не стоит

Эти писатели сами не понимают что пишут. Если тематическая ветка короткоживущая, то наоборот лучше не засорять её коммитами слияния, а каждый раз лучше пересаживать на вершину мастера.
git pull --rebase origin master

А ещё можно задать глобальный параметр
git config --global pull.rebase true
И тогда простой pull сразу будет делать rebase без отдельных напоминаний

Гит это не хранилище файлов, мы там отслеживаем полное состояние проекта.
И в разных ветках хранится всё тот же полный проект, но разные состояния всех его файлов.
Теоретически отдельная ветка может только некоторые файлы, но тогда остальные файлы будут удаляться из рабочего каталога при переключении на эту ветку. Как будто вы переключились на совсем другой проект.
И сайт будет падать. Надеюсь вы загоняете под версионный контроль не боевой сервер?

Если файлы модулей перемешаны, то и отслеживайте их в одном репозитории и не усложняйте.
Просто не смешивайте правки разных модулей в одних и тех же коммитах.
И в сообщениях коммитов помечайте название модуля, тогда вы сможете фильтровать историю и видеть изменения только конкретного модуля.

Вангую, что ветка main не содержит ни одного коммита: src refspec main does not match any. Отправлять просто нечего.

Вы, наверное, вслепую выполнили заклинания git add и git commit, но проигнорировали предупреждение, в котором говорилось, что у вас там, наверное, подмодуль в каталоге my-app и он должен отслеживаться в собственном репозитории. Команда git status должна подтвердить мою догадку.

Разве корень проекта не должен находиться в каталоге my-app?

Удалите ваш ещё пустой репозиторий (папку .git), который вы создали в каталоге react-code, и откройте в WebStorm каталог my-app, в котором репозиторий уже есть. Он инициализировался, когда вы делали create-react-app.

Либо удалите папку my-app/.git и тогда сможете закоммитить каталог my-app в ваш текущий репозиторий. Предварительно попросив «забыть» про фиктивный подмодуль git rm --cached "my-app"

А сейчас Git видит вложенный репозиторий в каталоге my-app и игнорирует всё его содержимое, думая что там у вас подмодуль.

git checkout -
Отменит предыдущий checkout

Если вам именно видосы заходят, то посмотрите серию мультиков Git: курс — там максимально наглядно.
Но просмотра видео или прочтения статей недостаточно чтобы начать понимать.
Рекомендую пройти бесплатный курс Введение в Git из 16 уроков с практическими упражнениями.

Есть официальная книга Pro Git, она сложновата для новичков, но её тоже стоит прочитать позже.

Решение предельно простое. Допустим у нас есть проект в котором ветке main лежат две папки: client и server

Команда git subtree push --prefix client origin client отправляет ваш клиент из подкаталога client в локальном репозитории в ветку client внешнего репозитория origin.

Конкретно в этом случае:

git subtree push — запускает команду Git для отправки изменений из подкаталога во внешний репозиторий.
--prefix client — указывает на подкаталог client, который необходимо отправить во внешний репозиторий.
origin — имя внешнего репозитория, куда будет отправлено содержимое подкаталога.
client — название ветки, в которую будут отправлены изменения.

В результате выполнения этой команды, содержимое подкаталога client будет отправлено в ветку client внешнего репозитория origin, как если бы корень репозитория изначально был в каталоге client, т. е. в ветке не будет самого каталога client, там будет только его содержимое.

Аналогично с сервером git subtree push --prefix server origin server

Как так получилось, что вы обнаружили проблему только при отправке на гитхаб? Вы вообще не используете гит в локальной разработке?

Ваша проблема в том, что при изначальном создании приложения командой create-react-app сразу инициализируется Git-репозиторий внутри каталога с приложением. Если вы решили не работать в этом репозитории, а отслеживать изменения client и server в другом общем репозитории, то вам нужно удалить тот вложенный репозиторий из папки client. Иначе гит будет игнорировать изменения там и подумает что это вы подключили подмодуль (submodule).

# удалите папку .git, которая внутри каталога client
rm -rf "client/.git"
# скажите гиту, чтобы он забыл, что перед этим видел там вложенный репозиторий 
git rm --cached "client/"
# теперь получится добавить приложение в ваш основной проект
git add "client/"

Связывают не репозитории а конкретные ветки. Если вам дорога́ та ветка на гитхабе с единственным коммитом, то просто переименуйте её, чтобы не мешала отправлять актуальный проект.

Если же хочется непременно объединить две истории, то вам нужно предварительно подгрузить историю с гитхаба к себе, и только потом отправлять.

Например пересадить вашу локальную ветку поверх того коммита с гитхаба
git pull --rebase origin main

Либо через коммит слияния
git pull --allow-unrelated-histories origin main