Типичный проект, при попытке расширить функционал была значительно изменена структура папок, добавлены множество библиотек и зависимостей.
Как с помощью гита восстановить исходное состояние рабочего каталога и удалить все ненужное?
Исходя из скупости технических деталей в вопросе - возникает ощущение что git ранее не использовался. В таком случае ответ - нет. Гитом нельзя удалять и восстанавливать файлы, свидетелем создания и удаления которых он не был.