Если вы изменяете файл в рабочем каталоге, но не хотите, чтобы это изменение попало в ветку, то просто не отправляйте изменение в ветку. Коммитьте только те изменения, которые должны попасть в проект.
Если вы уже успели в тематической ветке изменить файл, который изменять было нельзя, то отмените его изменение в этой ветке. Только так вы сможете исключить этот файл из Pull Request.