Автор, ты не прав. Выполняя file2.php ты меняешь значение переменной в file1.php только в рамках file2.php. Когда ты запускаешь file3.php, переменная там берется из file1.php, где она определена. PHP не хранит изменения в файлах, они происходят только в окружениях исполняемого файла.
Для хранения значений при переходе по скриптам используй куки, сессии или БД - в зависимости от контекста задачи.