Saboteur

Не факт, что взламывают именно базу напрямую. Возможно скомпроментирован сервер, и в нем уже висит какой-то бекдор, через который ходят и вашу базу от имени локального mongo юзера коцают.

можно чистить коллекции командой compact, может немного просесть перформанс, поэтому лучше выбрать время когда поменьше нагрузки

коннектишься к монге, выбираешь базу, выбираешь коллекцию и вперед

use mybase
db.runCommand( { compact: "mycollectionname" })

В свободное от нагрузки время аггрегировать данные за прошлые периоды.
Прошел день, за прошлый день посчитал, добавил в отдельную таблицу сумму одной строкой и прошлый день весь можно грохнуть.

надо выяснить текущую скорость и где бутылочное горлышко.
Если упирается в скорость чтения - единственный вариант снепшоты
Если упирается в скорость записи - есть разные варианты
Если в CPU (что врядли) - посмотреть опции дампа
Если бэкап по сети идет?

Да и текущий дамп во что делается? в архив, в сырой формат? командную строку привести?

p.s. 2 терабайта - это большой объем.
Но на ssd по идее должно давать гигабайты в минуту, а это значит что должно занять явно меньше суток, часов 10-15. Тут по железу надо смотреть.

В общем приведи командную строку целиком и расскажи что за соурс и таржет, какая нагрузка на cpu/hdd/сеть

Если стартовать mongod от юзера, то есть

sudo mongod --dbpath /mnt/share3 --bind_ip 127.0.0.1,10.1.1.32

Так это не от юзера, а от суперюзера (рута)

10.1.1.30:/mnt/pool/DBASE /mnt/share3 nfs rw,relatime,user,bg,hard,nolock,noatime,nointr 0 0

user позволяет обычному юзеру маунтить папку, правда я забыл не уверен какие права при этом получаются

Попробуй маунтить сразу от конкретного юзера

10.1.1.30:/mnt/pool/DBASE /mnt/share3 nfs rw,relatime,uid=mongouser,gid=mongouser,bg,hard,nolock,noatime,nointr 0 0

и /mnt/share3 должна принадлежать mongouser

Не тырить непонятный вам код, а взять его легально и получить инструкцию, что должно быть в базе.
Тем более что есть же прямые контакты у кого спросить. Или вы думаете кому-то интересно знать наизусть все исходники всех ботов?

Ошибку выдает клиент.
А что на сервере?
Он точно запущен?
Есть лог, со строкой что сервер запущен и listening?
Тем более, что ты говоришь что порт не занят согласно netstat.

Проверь конфиг сервера - точно ли он слушает на 27017 и точно ли слушает 127.0.0.1 а не какой-нить ipv6 под дефолту

Так что MongoDB перекрывает основные функции MySql?

Основная функция mysql и всех других реляционных баз данных - реляции.
То есть работа с множественными таблицами и связями между этими таблицами. Все эти join

Если вам это не нужно, вы можете придумать свою логику хранения данных и хранить хоть в монго, хоть в csv файле

А где в вашем подключении к монгодб выбор базы?
Либо перед запросом выполните use rusterscluster, либо в настройках подключения следует указывать базу по умолчанию.
Подозреваю, что в настройках у вас прямо так и указано db=dbname, как это было в каком-то примере.

Можно просто периодически запускать мусорщик, который будет сканировать все статьи и помечать удалять неиспользуемые картинки.

Например запускается проверка, обновляется таймстамп в базе картинки, которая была найдена. затем сортировка по таймстампу покажет какие картинки не были найдены во время этой проверки.

Можно просто добавить такую опцию в админку и запускать вручную, или раз в неделю/месяц в момент низкой активности.

Делать проверку при правке статьи нехорошо, потому что одна картинка может использоваться в разных статьях, а более сложная проверка - тормоза во время активности пользователя.

Раскидывать файлы по каталогам можно как удобно. Если ссылка на файл в базе - то вообще нет никаких особых правил, просто для удобства обслуживания хранить так, чтобы не тормозила файловая система (например не больше нескольких тысяч файлов в одной подпапке).