Так что MongoDB перекрывает основные функции MySql?
Основная функция mysql и всех других реляционных баз данных - реляции.
То есть работа с множественными таблицами и связями между этими таблицами. Все эти join
Если вам это не нужно, вы можете придумать свою логику хранения данных и хранить хоть в монго, хоть в csv файле