Saboteur

Вы неверно прочитали информацию. Дополнительные байты используются на низком уровне контроллером диска для дополнительной коррекции ошибок.
Пользовательские данные все будут по 4096 на сектор.

1. ОС вообще с ними не работает, ОС работает с файловой системой и блоками/кластерами, а не секторами.
2. Чек сумма обычно такая же, но кроме чек суммы могут быть и другие данные для корелляции
3. 512 в современных устройствах уже не должно встречаться. После 2011 года все производители перешли на AF. Но в 4к секторах можно создавать 512байтные кластера или блоки
4. ОС практически никогда не занималась секторами. Очень очень давно до секторов можно было докопаться из биоса, но это было во времена, когда контроллер дисков находился на материнке. То есть во времена IDE...

Нынче все устройства идут с собственным контроллером, и ОС максимум создает разделы с адресацией секторов (но уже получает от контроллера все числа и не может достоверно знать это настоящий адрес или виртуальный), а внутри разделов уже будет файловая система с блоками или кластерами.

Ну сперва уменьшаешь /dev/sda2, потом двигаешь все разделы, чтобы свободное место было рядом с тем, который хочешь расширить, и расширяешь.

Если диск внезапно начал тупить - менять сразу.
А так - smart
Для серсерных - есть мониторинг и smart ну и собственно если рейд показал сбой

А для домашнего диска в принципе предпочитаю раз в 5-7 лет менять основной диск, даже если с ним все в порядке. Ибо лучше я его поменяю в контролируемых условиях, неторопясь, чем останусь без рабочего компа и с необходимостью покупать/менять/ставить, настраивать здесь и сейчас без рабочего инструмента. А старый диск можно под файловую свалку.