Для начала работай с файлами не в проводнике а в нормальных файловых менеджерах, типа Far Commander или Total Commander, позволяющих работать со скрытыми и системныви каталогами, корректно обрабатывающих символические ссылки и просто удобнее чем проводник.
* пользовательские файлы в:
\Users\ - все тут можно удалять кроме твоих файлов, их нужно переместить в другой каталог на этом же диске (операция быстрая не требующая копирования), один из подкаталогов - имя твоего пользователя (или несколько, если специально их создавали), например MyUser
\Users\All Users, Default, Default User, Public, Все пользователи, desktop.ini - смело удалять
\Users\MyUser\Desktop, Documents, Downloads, Music, OneDrive, Pictures, Saved Games, Videos - обычно тут хранятся пользовательские файлы
Остальные каталоги можно удалить но в зависимости от установленных приложений лучше перепроверить, к примеру в \Users\MyUser\.ssh могут храниться сертификаты ssh и настройки беспарольной авторизации
\Users\MyUser\AppData и LocalData - тут хранятся настройки (и даже сами приложения, устанавливаемые без требования администраторского доступа), обычно их можно смело удалить но держать в голове это нужно, бывает нужные файлы там
* без вопросов удалить:
\windows
\program files и \program files x86 - в этих двух каталогах находятся файлы устанавливаемых приложений, во времена winxp (а такие приложения еще встречаются но их сразу заметно они для работы требуют администраторский доступ) настройки и даже пользовательские файлы могли храниться тут
\ProgramData - очень очень редко программы сюда складывают пользовательские данные (например файлы лицензий, тот же SketchUp к примеру, т.е. не напрямую файлы а как производная от работы приложения)
\PerfLog
\Boot
\Recovery - осторожно, windows может при отсутствии места на диске C создавать такие каталоги на других дисках, т.е. ты можешь удалить файлы восстановления текущей системы
\$WinREAgent
\$Recycle.Bin - корзина, в этом каталоге хранится как удаленные в проводнике файлы в старой системе так и в новой, но в интерфейсе будут видны только новые файлы, а старые нет, имеет смысл удалить, предварительно убедившись что в новой корзине нет нужных файлов
\System Volume Information - то же самое что и корзина, тут могут храниться точки восстановления как новой так и старой системы, но удалить так просто не получится, нужно сначала в интерфейсе отключить поддержку точек восстановления на диске, а затем удалить (после этого включить обратно)
