Я разобрался с этим, как оказалось это достаточно известный в узких кругах баг-особенность работы семейства webkit браузеров с сочетанием свойств -webkit-transform и background-attachment в значении fixed. Решается добавлением
-webkit-transform: translate3d(0,0,0);
-webkit-backface-visibility: hidden;
к проблемным блокам.