res2001

Вам нужно на первом диске сделать в ручную и EFI раздел и раздел восстановления. Если потребуется, нужно будет уменьшить существующие разделы, чтоб выделить место для этих двух новых разделов.
Как правильно создать эти разделы ищите в гугле, информация есть.
На новый EFI раздел скопируйте все с EFI раздела второго диска. Раздел восстановления не трогайте.
Если после этого с первого диска комп не загрузится пробуйте bootrec.exe /fixboot с загрузочной флэшки, должно сработать, т.к. нужные разделы на диске будут.

Вы путаете терминальный доступ и виртуальные машины.

На линуксе вы можете предоставлять терминальный доступ только к линуксу (ssh, VNC). ssh - только консоль, VNC - тормозной, никогда не использовал его для работы пользователей, думаю счастья у них не прибавиться. Хотя в локальной сети, возможно, будет нормально работать.

На гипервизоре под линуксом вы можете поднять любую ОС в качестве ВМ и раздавать доступ к ней. Поднимите нужное количество виндовых ВМ, подключайтесь к ним по RDP.
Сервер с гипервизором не стоит использовать в других целях (SQL, Дело, ...) - просядет производительность и ВМ и других служб.
Кстати: разве "Дело" работает на линуксе? На сколько помню, там исключительно винда, т.к. .Net/IIS/MSSQL.
Ее то же будете поднимать на виртуалке?

Вам было бы удобней поднять на сервере Windows Server в качестве терминального сервера и использовать RDP для подключения клиентов. Но Windows Server стоит денег и лицензии на терминальное подключение то же не бесплатные.
Если сервер достаточно мощный, а одновременно работающих клиентов относительно не много и у них "легкие" задачи, то на сервер можно повесить и дополнительный функционал.

Если будете покупать железный сервер, то рекомендую сразу же включить в комплект Windows Server и лицензии для терминального подключения. Так бывает проще протащить покупку нужного ПО - вместе с железом без которого обойтись нельзя.

На счет проброса USB портов с ключами шифрования - могут быть проблемы. Только вариант с Windows Server + RDP + локальный USB порт сервера для ключей дадут гарантию работоспособности. Но часто по разным причинам невозможно использовать порты сервера. Нужно сначала тестировать ту конфигурацию, на которой вы остановитесь.

Укажите компилятору соответствующей опцией где искать h файлы.
make, gcc и прочие линуксовые утилиты сборки есть в msys2/mingw.

Организуйте ВПН и используйте стандартные порты внутри ВПН.
Прав ваш провайдер, хотя блокировать порты не должен был бы - ваша безопасность - это ваша проблема.

Вы можете не перезаписывать весь файл, а только кусок с хвоста, который останется после удаления из середины данных. Для обрезания размера файла с конца в современных ОС есть соответствующие механизмы.
Если же вам нужно удалить в большом файле несколько байт в начале, то придется перезаписать весь файл.
Для того что бы не перезаписывать большие объемы информации многие файлы внутри имеют блочную структуру (например файлы баз данных), тогда можно помечать весь блок как удаленный, при этом сам блок из файла не освобождается и не перезаписывается, но приложение знает, что он пустой и его можно будет повторно использовать при необходимости. Этот функционал вы должны сами запрограммировать в своем приложении - операционная система за вас это не сделает. При этом когда злобный админ будет делать shrink базы данных эти пустые блоки будут физически удалены из базы.

Блочная запись на диск и copy-on-write - это все верно, но находится на уровне дискового драйвера (а copy-on-write - это вообще даже не драйвер, а прошивка контроллера диска). При этом дисковый драйвер и контроллер диска ничего не знают про файлы, они работают с секторами, блоками и т.п.
Пользовательская программа, работая с файлами, обычно, не опускается на такой низкий уровень, а потому не может управлять подобными операциями.