res2001

Развернуто не выйдет - нет под рукой винды. Могу дать направление.

Получить отсортированный по дате изменения список файлов можно с помощью команды: dir /b /a-d /od *
За сортировку отвечает ключ /od, можно получить обратную сортировку, тогда надо задать ключ /o-d. Ключ /a-d удаляет из вывода каталоги (по умолчанию dir выводит и каталоги то же).
Эту команду надо запихнуть в цикл, примерно так:

for /f "tokens=* delims=" %%a in ('dir /od ...') do (
  echo %%a
<тут команды тела цикла>
)

В цикле просто на первой итерации копируете файл в to и to2 и выходите из цикла (goto).
Для дальнейших действий аналогичные циклы по соответствующим каталогам, только пропускаете первых 5 итераций, на остальных файлы удаляете. Пропустить 5 итераций в цикле можно либо счетчиком в теле цикла, либо есть опция цикла skip.
Примерно схема уже должна быть ясна.
Отработайте этапы команды по одному, а потом запихните все этапы в один батник.
Детали применения команд смотри:

dir /?
for /?
set /?
goto /?

В команде call, на соклько помню нужно указывать имя файла с расширением. Она вызывает другой внешний батник. Проверить сейчас поведение команды без указания расширения не могу.
В любом случае, если тут должен вызваться activate.bat, то надо его смотреть то же.

По остальным командам вообще не чему тормозить, кроме, конечно питоновского скрипта.
Ну и не забывайте, что в конце стоит команда pause - она ждет нажатия any key пользователем. Ждать может до посинения.

При чем тут cmd/bat?
Делайте бэкапы, и восстанавливайте файлы из бэкапов.
Обычно чем вы создаете бэкапы, тем же инструментом и восстанавливаете.
Инструментов для бэкапа/восстановления много. В т.ч. можно накропать соответствующие скрипты и на батниках, используя какой-нибудь архиватор.

Если вы надеялись на простой чудесный способ восстановления без предварительного бэкапа, то такого варианта не существует.

Напишите команду start сразу после do.
Или можно завернуть start в круглые скобки. Открывающая круглая скобка должна быть после do в той же строке.
Т.е. for вместе с телом цикла - это одна команда для cmd и она должна быть на одной строке. Круглые скобки позволяют обойти это ограничение.

Вот так должно работать:

for  /f "delims=" %i IN ('net user %username% ^| findstr /C:"Действие пароля завершается" ') DO set var=%i

С помощью утилиты schtasks можно добавлять задания в планировщик.
С помощью reg add - можно добавить ключи в реестр для автозапуска.
Но если вам нужны права администратора при выполнении программы, то в обоих случаях при вызовах schtasks и reg вы должны обладать этими правами.

vcvars32.bat идет в составе MSVS для установки переменных окружения.
Так же MSVS устанавливает в меню пуск несколько ярлыков для запуска командной строки, где уже установлены все нужные переменные окружения. Делается это примерно так:
cmd.exe /K vcvars32.bat
Ключ /K не дает закрыться cmd.exe после выполнения команды переданной в параметре. Команду привел схематично, можете точную команду посмотреть в ярлыке MSVS. Возможны и другие параметры, которые передаются уже в vcvars32.bat.
Кстати, есть еще и vcvars64.bat.
Нет смысла всегда запускать vcvars32.bat при старте cmd. Просто используйте ярлык от MSVS для запуска командной строки.

Область справа на панели задач это "трей". И это не область скрытых задач. В винде есть специальный API для того, что бы приложение могло размещать свою иконку в трее. Приложение должно само уметь это делать (или это можно сделать с помощью третьего приложения см. ответ benipaz ). cmd.exe такого делать не умеет.

Скрытых задач полно в винде и их окон и иконок вы не видите нигде. Для проверки просто откройте диспетчер задач и перейдите на закладку детально - в этом списке процессы, которые сейчас работают в вашей винде. Сколько иконок из этого списка вы видите в панели задач и в трее?

У меня есть bat скрипт запускающийся при старте Window 10

Почему бы не завершать этот стартовый скрипт? Тогда он не будет висеть в панели задач.
Другой вариант - можно запустить этот скрипт из планировщика по событию логин пользователя. Задания из планировщика по умолчанию выполняются в скрытом режиме.
Так же есть другой вариант - запустить батник в скрытом режиме через промежуточный небольшой скрипт на JavaScript или VBScript. Примеры легко гуглятся. При этом можно внедрить JavaScript скрипт в батник таким образом физически оба скрипта будут находится в одном файле. Технику внедрения JavaScript скрипта в батник то же можно нагуглить, ничего сложного там нет.

Передавайте команду в параметрах к cmd. В командной строке это выглядело бы примерно так:

cmd.exe /C @for /f %i in ('set /a 1^^^<^^^<10') do @for %j in ("C:\Users\username\Downloads\test5\yd\*.txt") do @if %~zj leq %i del "%j"

Обратите внимание, что к переменным цикла из командной строки надо обращаться через 1 знак процентов, а не через 2 как в батнике.
ЗЫ: Не понял, что это вы за конструкции соорудили в set. По моему она не работает. И что она вообще должна делать я не представляю. А вы?