При чем тут cmd/bat?
Делайте бэкапы, и восстанавливайте файлы из бэкапов.
Обычно чем вы создаете бэкапы, тем же инструментом и восстанавливаете.
Инструментов для бэкапа/восстановления много. В т.ч. можно накропать соответствующие скрипты и на батниках, используя какой-нибудь архиватор.
Если вы надеялись на простой чудесный способ восстановления без предварительного бэкапа, то такого варианта не существует.