rPman

осторожно, пустые строки в csv могут оказаться частью данных в строковых колонках, php fgetcsv корректно их обрабатывает а вот всякие упрощенные file и fgets ... нет

правильно - написать приложение из 10 строчек типа такого:

$r=fopen('filename.csv','r');
$w=fopen('result.csv','w');
while(!feof($r))
{
  $row=fgetcsv($r,0,',','"'); // из-за 0 вторым параметром будет работать медленно, если знаешь максимальную длину строки в файле, пропиши ее тут с запасом
  if(empty($row)) continue;
  fputcsv($w,$row,',','"');
}
fclose($w);
fclose($r);

идеально - не пользоваться этим говноинструментом, на столько отвратительного способа передачи данных еще нужно поискать, сколько занимаюсь обработкой данных, столько натыкаюсь на постоянные ошибки тех кто экспортирует данные в csv. Ну есть же другие удобные инструменты, выдай дамп json (есть неплохой вариант - размещать записи построчно, одна строка один json объект), или одно время любили xml (у него тоже есть проблемы)

Абсолютно верный путь - передавать данные в базе данных sqlite, или пусть будет проприетарный майкрософтвский .mdb если это принципиально, главное чтобы не изобретали способы сериализации чисел строк дат, списков и прочего.

p.s. для тех кто не понял, \n внутри строк это часть стандарта

escaped = DQUOTE *(TEXTDATA / COMMA / CR / LF / 2DQUOTE) DQUOTE

добавь отображение заголовков
CURLOPT_HEADER, true
возможно сервер там что-нибудь вернет полезное

либо CURLOPT_VERBOSE, true тогда вся информация о запросе будет в stderr

а еще посмотри что возвращает curl_getinfo и curl_error

За то, какой именно код будет запускаться на разных доменах, обычно отвечает веб сервер, смотри настройки в нем. Там на каждый домен своя секция конфига. Работать такие сайты будут совершенно независимо, т.е. база сессий у каждого своя, ну а настройки баз данных сам пропишешь в коде у каждого свой.

Сохраняй идентификатор сессии session_id в базе данных с привязкой к пользователю (1 к М так как пользователь может авторизоваться с разных устройств), при необходимости отзыва доступа (смена пароля или пользователь пожелал) просто удали определенную по этому идентификатору

session_id($sid);
session_destroy();
session_commit();

механизм сессий в php это просто готовое решение простой базы данных в памяти, и оно становится неудобным при увеличении количества серверов в бакэнде, поэтому возможно сразу все хранить в базе данных кажется более удобным.

кстати в настройках php можно указать как хранить сессии session.save_handler например redis или memcached, это значит централизованно и немного проще управляться

Вопрос немного не понятен.
* Если задача в php скрипте как то отличить обычную загрузку страницы от запроса, то к запросу нужно добавить параметры, это нормальный способ, специально для этого созданный. Параметры могут быть добавлены напрямую в ссылку, это формат запроса http get (используется по умолчанию) или как дополнительные поля запроса http post, в любом случае метод ajax jquery все делает автоматически и достаточно указать данные в settings в виде массива key->value в параметре data
* Если проблема в том что запрос выполняется параллельно загрузки данных браузером и может быть прерван принудительно браузером или при проблемах с соединением, то типичный способ - запускать свои задачи отдельным приложением (сервисом), с которым веб приложение (то что внутри index.php) должно как то общаться (обычно используют тот же http протокол но это не обязательно, например один из способов - оставить в базе данных задачу, список которых и будет мониторить это приложение). Способов тьма, написано куча решений, особенно когда речь идет о высоконагруженных задачах, но настоятельно рекомендуется решить подобную задачу самостоятельно, благо там нет ничего сложного.
В данном решении должно появиться понятие задачи, у которой есть статусы новая, исполняется, завершена, ошибка,... а на стороне клиента это соответственно должно обрабатываться.

Чтобы клиентская сторона оперативно могла получить информацию об окончании запущенной задачи, вместо периодических опросов по таймеру (которые сильно нагружают веб сервер с примерно квадратичной трудоемкостью от количества клиентов) рекомендуется использовать websocket, на стороне сервера должно быть запущено соответствующее приложение (либо отдельное либо сам бакэнд должен быть реализован в виде этого веб сервера) которое будет мониторить состояние задач и рассылать сообщения об их изменении клиентам.